Hace tiempo tuve que compilar un kernel 2.6 para poder instalar una tarjeta de red Marvell Yukon que trabajaba con Gigabits, para luego darme cuenta que sólo debía cambiar la versión del GCC para ajustarla a la versión del GCC con que fue compilado mi kernel... pero me quedó la experiencia al menos. En ese momento encontré una guía excelente de cómo compilar un Kernel a la Debian o derivados, aquí se la dejo:
http://mogaal.com/articulos/kernel-a-la-debian.html