Tuve problemas con la Sincronización Vertical de mi Debian 7 con Gnome Shell. Se veían líneas que cortaban el video de películas. Cuando navegaba también aparecían. Lo solucioné editando el archivo /etc/environment, agregando estas dos líneas:
CLUTTER_PAINT=disable-clipped-redraws:disable-culling
CLUTTER_VBLANK=True
Luego reiniciar. Y listo a disfrutar películas sin la línea que cortaba el video.
Pueden ver una discusión donde plantean esta respuesta:
VSYNC en Debian
Y otra donde plantean otras soluciones:
VSYNC en NVIDIA Arch Linux